É um software completo para : importar bibliografia, gerenciar banco de dados bibliográficos, organizar bibliografia para publicação. Estes módulos possuem recursos tais como: Pesquisa de Referências na Internet  O usuário introduz as chaves de pesquisa (palavras chaves, autor, data, publicação, etc..), com filtros adicionais (seleção lógica AND OR,) contecta-se com PubMed,

bibliotecas do mundo todo dentro do padrão Z39..Z50 e as informações são transferidas da WEB ára dentro do computador do usuário na forma de arquivo de bancos de dados do EndNote. Outros sites tais como WOS (Web Of Science) , Dialog, Ovid permitem a exportação de informações entre estes bancos de dados e o EndNote. Esta pesquisa também pode ser feita em CD-ROM ou o usuário pode digitar o próprio banco de dados. 
Gerenciador de Banco de Dados 
É simples gerenciar o banco de dados bibliográficos. O EndNote permite verificar duplicidade de informações, criar novos bancos de dados, consolidar diversos bancos em um só. Além de criar fichas de leitura é possível incluir indicadores para documentos do usuários, por exemplos arquivos de CD-ROM, etc.. . Além das informações de periódicos é possível incluir vários outros produtos, tais como vídeo, filmes, coleções, documentos não indexados e outros. Num clicar de mouse é possível organizar por ordem de autor, data, nome ou qualquer outra informação. O usuário pode criar seu próprio campo de anotações e traduzir para o português o nome dos campos.

Bibliografia no formato de publicação 
O EndNote trabalha dentro do seu editor de texto, o Word por exemplo. Ele se adapta muito bem a todas as versões de Microsoft Word (Office 97, Office 2000 e Office XP). Ele possui centenas de estilos para todas as áreas. A indicação de referências fica automática à medida em que você escreve o trabalho (por ordem alfabética ou por numeração).O EndNote é uma ferramenta necessária para publicações com várias citações e que precisam ser alteradas. Imprescindível para a área de publicação médica como na confecção de revisões, teses e relatórios de pesquisa.